Malha Fina - Funcionário

Entregue a DIRF 2016 da empresa e não tive problemas com divergência ou erros. Acontece que um funcionário entrou em contato e me informou que caiu na malha fina, pois os valores informados de retenção de irrf não batem. No setor financeiro fui informada que a empresa deixou de efetuar o pagamento de alguns darf´s no ano de 2015. Isso pode ocasionar a divergência de valores?

Bom dia,
com certeza! A receita recebeu a declaração da empresa informando que houve a retenção, logicamente deveria ter efetuado o pagamento.
Lembrando que a retenção do imposto pela empresa sem o recolhimento caracteriza apropriação indébita, caracterizando crime fiscal conforme art. 2º da Lei 8.137/90.