Caro Edson, boa noite.
Levando-se em conta a questão da obrigatoriedade da depreciação do bem vendido, haverá ganho de capital superior aos R$ 1.000,00 inicialmente vislumbrado.
Sobre a questão da NF, o VENDEDOR só poderá emitir NF de venda desse imobilizado caso na compra, tenha dado entrada também com NF e que esteja relacionado no seu registro de inventário.
Mesmo emitindo NF avulsa na SEFAZ (que desaconselho), voce estaria obrigado a escriturar tal venda e no confronto fiscal, haverá uma saída sem que tenha sido registrada uma entrada, ou seja, haveria omissão da segunda.
O princípio básico para o seu caso é o seguinte: há de se emitir nota fiscal de saída somente quando houver uma entrada correspondente.
Do contrário, não haverá como a VENDEDORA emitir outro documento da venda, senão e apenas o DUT.
Att
Hugo.