A Instrução normativa trata-se de quaquer natureza de PIS/COFINS, portanto, o Pis s/ folha tbm integra a base de informações da EFD Contribuições.
No registro 000 marque no campo "Indicador da natureza da pessoa jurídica " 02 – Entidade sujeita ao PIS/Pasep exclusivamente com base na Folha de Salários.
Com relação as contribuições do PIS/COFINS s/ retenções elas são informadas no campo F600-F700/M200-M600 - Registro 1300/Registro 1700.
Para base de entrega das PJ imunes/isentas é 10 mil sobre as contribuições totais, como as mesmas não tem incidencia de outras natureza, como venda, apenas a folha irá contar para a base.
No caso de haver (nunca vi uma simultaneidade deste tipo) Pis s/ faturamento + Pis s/ folha, a soma dos valores é a base para entrega da obrigação.
Espero que tenha entendido.