Boa noite Umberto,
Sua pergunta: ...valor total do débito + os pagamento efetuados, será feito na DCTF referente ao 2º Semestre de 2009. Resposta: Não, exatamente. Na DCTF 2º sem/2009 constarão apenas os debitos gerados no mesmo período, bem como, os pagamentos ocorridos dentro do 2o.semestre referente ao semestre anterior (prazo legal) e os pagamentos referente aos débitos que venceram e foram pagos dentro do 2o.sem/2009. Em resumo, a DCTF 2o.sem/2009 não sofrerá alteração nenhuma em relação a do 1o. sem/2009.
Por exemplo, os débitos gerados no último trimestre/2009 p/ IRPJ/CSLL, bem como os débitos de PIS/COFINS referente ao mês de dezembro/2009, serão declarados na DCTF 2º sem/2009.
Já os pagamentos só ocorrerão no mês de jan/2010 e seguintes (caso tenha optado por parcelar o IRPJ/CSLLem 2 ou 3 parcelas).
Nesse caso os pagamentos efetuados em jan/2010 constarão na DCTF deste mês , ou seja, a 1ª/03 parcela ou cota única do IRPJ/CSLL e também o pagamento total de PIS/COFINS ocorrido em janeiro/2010 referente ao mês de dezembro/2009.
Também entrarão na DCTF janeiro/2010 (mensal) os débitos gerados nesse mês. Os pagamentos destes, entrarão na DCTF do mês seguinte e assim por diante.
Nas DCTF´s mensais dos meses de encerramento de cada trimestre civil (março/junho/setembro/dezembro) entrarão os débitos gerados pela trimestralidade do IR/CS.
E os pagamentos desses débitos serão declarados nos meses correspondente ao vencimento/pagamento destes em DCTF própria.
Espero ter esclarecido suas dúvidas, senão, pode continuar sanando-as.
abs,
*obs: editado para correção das informações e datas.