Boa tarde Isaias da Silva Pereira
O procedimento inicial é esse que está fazendo, retificar todos os períodos onde apurou de forma errada, você notará que restará a recolher um valor considerável de DAS, isso ocorre porque as alíquotas para prestadoras de serviços são maiores do que as alíquotas para comércio e indústria, e ainda terá a parte do ISSQN que não estava sendo recolhida.
O PGDAS provavelmente está abatendo nessa nova guia os valores pagos dos tributos federais, e gerando a diferença a recolher. Você deverá recolher essa diferença, junto com o total do ISSQN.
Quanto aos valores pagos de ICMS, esses você não compensa, pois só poderão ser compensados impostos iguais, não poderá usar o valor do ICMS para quitar ISS ou outros tributos, o que você deve fazer é pedir restituição desse valor, que deverá ser feito diretamente na Sefaz por se tratar de tributo estadual.
Att.