Tenho que recolher como Substituição Tributária ou como Trib

Uma empresa Optante pelo Simples Nacional que compra insumos com substituição tributária ex.(farinha de trigo, açúcar,etc.) e a mesma utiliza esses insumos para a industrialização de produtos como bolos, tortas, e demais,como deve proceder a apuração do imposto, pois no CNPJ ela não está classificada como indústria e sim como comércio, mesmo assim a fabricação dos itens acima citados são produzidos na própria empresa, tenho que colocar como Substituição Tributária ou como venda tributada integralmente em tudo o que ela fabricar? Tenho que recolher uma guia a parte dessa ST?