Se a empresa estiver enquadrada como ME ou EPP pode baixar/encerrar mesmo com dívidas. Lembrando que todas as dívidas que estão na empresa, passarão para o CPF dos sócios no momento da baixa da mesma. Se não estiver enquadrada, será necessário a entrega das declarações de inatividade e demais obrigações e os respectivos pagamentos para obter as certidões negativas necessárias para a baixa.
Se for possível, é preferível regularizar a empresa primeiro, obter todas as certidões e depois baixar, pois assim os sócios não herdarão estas obrigações.