Letícia,
Pela legislação é necessário ter o RPS, porém, na emissão da nota fiscal se você preencher os campos referente ao RPS (eles ficam logo abaixo do campo valor total da nota) o sistema irá aceitar, mesmo que não o tenha, pois se está preenchendo entende-se que o RPS existe.
Os campos são: Nº do RPS, Série do RPS e Data de Emissão do RPS.
Se você emitir uma nota e preencher esses três campos a nota será emitida com data de emissão atual e será considerada na competência da data que você preencher o campo Data de Emissão do RPS.
Depois de emitida a nota, no cabeçalho, logo abaixo de onde consta o título NOTA FISCAL ELETRÔNICA DE SERVIÇOS - NFS-e aparecerá a seguinte mensagem:
RPS Nº XXXXXX Série XXXXX, emitido em XX/XX/XXXX
Exemplo: Se você emitir a nota hoje e preencher o campo Data de Emissão do RPS com 15/09/2016 a nota irá constar na data de emissão como 07/12/2016 e na mensagem acima a data do RPS constará como 15/09/2016, e o ISS seja ele devido pelo prestador ou tomador será devido na competência 09/2016, ou seja, estará em atraso e deverá ser recolhido com multa e juros.