Jane Paula Santos de Lima, pra eu te passar os percentuais teria que também realizar a atualização, mas o programa tem todas as bases de atualizações da SELIC, então pode confiar que seriam esses os percentuais corretos.
Uma coisa você tem que saber diferenciar: trimestres e quotas.
Os pagamentos e vencimentos de IRPJ e CSLL, neste caso, são feitos por trimestres. ou seja:
1º trimestre - janeiro, fevereiro e março: vencimento 30/04/20X0
2º trimestre - abril, maio e junho: vencimento 30/07/20X0
3º trimestre - julho, agosto e setembro: vencimento 30/10/20X0
4º trimestre - outubro, novembro e dezembro: vencimento 30/01/20X1
Pelo que entendi no enunciado, quando você menciona "quotas", você se refere aos meses em separado, ou seja, cada trimestre possuí três "quotas".
Você disse: "esqueci de enviar para o meu cliente a 2ª quota referente 3º trimestre/2016". Logo, a "2ª quota" mencionada, no meu entendimento, seria o mês de agosto.
Mas dai reli o seu enunciado e percebi que você disse que venceu dia 30/11/2016. Pode observar que o 3º trimestre, no meu exemplo a cima, não vence dia 30/11 e sim 30/10.
Portanto, alguma coisa está incorreta nessa nossa conversa. Porque se for "a 2ª quota referente 3º trimestre/2016", logo ela venceu dia 30/10/2016. Se for a quota que venceu dia 30/11/2016, então creio que se trata do mês de outubro/2016 e dai seria a 1ª quota do 4º trimestre/2016.
Os vencimentos são com base no trimestre. O envio que você provavelmente deve estar fazendo, e é o que fazemos em nosso escritório também, trata-se somente de uma antecipação. Ou seja, se realmente estivermos enganados, e você estiver falando do mês de outubro/2016, que na guia saiu com vencimento para dia 30/11/2016 e que na verdade faz parte do 4º trimestre/2016, pode observar que no exemplo que dei a cima o vencimento do 4º trimestre somente se dará em janeiro do ano que vem. Sendo assim, você não precisar atualizar a guia em relação a juros e multa. Somente precisa emitir uma guia com nova data para pagamento, podendo ser 30/12/2016 ou até mesmo 31/01/2017.
Mas agora uma nova questão que vem na minha mente é que você disse que atualizou a guia no SICALC e ela atualizou com juros e multa. Se for realmente o mês de outubro/2016, o SICALC não deveria calcular juros e multa. Simplesmente deveria gerar nova guia com a data de pagamento desejada, tendo em vista que o vencimento do trimestre em questão é 31/01/2017. Veja também se está fazendo o preenchimento correto no SICALC.