Natalli, no meu entendimento, sim, você está fazendo errado, pois o estado que você irá mencionar é o estado que irá se beneficiar do imposto, e o imposto é devido no INÍCIO da prestação, ou seja SP (Fundamentação: art. 12, V e VI da Lei Complementar nº 87/96 e art. 2º, X e XI do RICMS/SP).
No meu caso, tenho situações de transportes interestaduais de SP para MS. Seleciono o item "Prestação de serviços de comunicação; de transporte intermunicipal e interestadual de carga; e de transporte intermunicipal e interestadual de passageiros autorizados no inciso VI do art. 17 da LC 123, exceto para o exterior" e "Transporte sem substituição tributária de ICMS (o substituto tributário deve utilizar essa opção)", menciono o estado de SP e coloco o valor faturado.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."