Nathi Oliveira, somente complementando e simplificando a respostada dada pelo colega Paulo R. Schafer...
Sim, somente transmita a DCTF ref. janeiro/2016 que irá eliminar as dos meses seguintes. Porém, conforme você mesma salientou, devido a apresentação fora do prazo da declaração, terá de recolher uma única multa ref. a essa transmissão de R$ 200,00 reduzida em 50%.
Cuidado para não perder o prazo da DCTF inativa 2017 que foi prorrogado para 22 de maio de 2017, devido a algumas alterações que o programa irá sofrer a fim de simplificar a entrega da declaração pelas empresas inativas.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."