Patrícia,
No meu caso, o DAS 03/2017 foi pago em 05/05/2017. Como consta a guia paga no Extrato do SN de março, não aparece débito no Relatório de Situação Fiscal (eCAC), e emiti a CND, eu não me preocupo.
Na intimação, as penalidades que constam são a inclusão no CADIN e na Dívida Ativa, não menciona exclusão do Simples.
A exclusão é notificada através do ADE, normalmente enviada em setembro/outubro, com prazo de 30 dias para a empresa regularizar os débitos.
Eu só me preocuparia se a empresa vier a receber o ADE referente a esse débito, aí sim teria de ir até a RFB para demonstrar que foi pago.