Camila, na seção de Perguntas e Respostas da RFB consta:
"408 - Podem ser deduzidas as despesas com aluguel, energia, água, gás, taxas, impostos, telefone, telefone celular, condomínio, quando o imóvel utilizado para a atividade profissional é também residência?
Admite-se como dedução a quinta parte destas despesas, quando não se possa comprovar quais as oriundas da atividade profissional exercida. Não são dedutíveis os dispêndios com reparos, conservação e recuperação do imóvel quando este for de propriedade do contribuinte.
(Parecer Normativo CST nº 60, de 20 de junho de 1978)"
No caso do autônomo, no meu entendimento, a Taxa do Alvará é dedutível pois pode-se comprovar que está ligado diretamente à atividade, sendo esta exercida na própria residência ou não.
Quanto ao Plano de Contas do Carnê-Leão, há um campo " Alterar Plano de Contas", onde você pode Incluir, Excluir e editar contas. Como citei, a despesa é dedutível, então crie uma conta específica de Taxas municipais ou mesmo Taxa de Alvará.
Espero ter ajudado.