Olá Wagner Bernardes Vieira
"Minha empresa tem duas atividades. A principal é a manutenção e reparação de computadores (CNAE 9511-8) que sempre esteve no anexo III."
R = Atividade: 9511-8/00 - Reparação e manutenção de computadores e de equipamentos periféricos
Lista de Atividades Segundo a Comissão Nacional de Classificação - CONCLA: Reparação e manutenção de computadores, inclusive portáteis e de equipamentos de informática periféricos, tais como impressoras, teclados, drivers, projetores, scanners, mouses, etc.
Esteve e continua no Anexo III (Artigo 18, § 5º-B, da Lei Complementar nº 123/2006), somente.
"A atividade secundária é Licenciamento ou cessão de direitos de uso de programas de computadores (CNAE 6203-1), que está no anexo V"
R = Atividade: 6203-1/00 - Desenvolvimento e licenciamento de programas de computador não-customizáveis
Lista de Atividades Segundo a Comissão Nacional de Classificação - CONCLA: Desenvolvimento de sistemas ou programas de computador que não permitem customizações (adaptações às necessidades específicas de um cliente ou mercado particular). Esses programas são, em geral, adquiridos no comércio, embora possam ser também obtidos diretamente da empresa que os desenvolveu ou através de seus distribuidores e representantes, como, por exemplo: sistemas operacionais, aplicativos para empresas e para outras finalidades, jogos de computador para todas as plataformas; Licenciamento ou a outorga de autorização de uso dos programas de computador não-customizáveis; Distribuidores autorizados de programas de computador não-customizáveis, que são responsáveis pela concessão e regularização de licenças para uso, treinamento, etc.
Seria tributada no Anexo III: Artigo 18, § 5º-D, da Lei Complementar nº 123/2006. Porém, conforme alteração realizada pela Lei Complementar nº 155/2016, na redação da Lei Complementar nº 123/2006, esta atividade será tributada no anexo III, no entanto a tributação ocorrerá no anexo V quando o FATOR R for inferior a 28%.
"Até então eu só recolhia o imposto pela atividade principal da empresa que representa 95% do faturamento e segundo o anexo III."
R = pelo CNAE informado, a atividade tida como principal continuaria pertencendo ao Anexo III somente.
"Com o Simples Nacional 2018 e a regra do fator 'r', o imposto passou para a tabela do anexo V uma vez que não tenho funcionários e trabalho sozinho."
R = Sim, você terá que se atentar à atividade que você denomina secundária.
"No Paragrafo 18 e no § 5o-B diz que o CNAE 9511-8 não está sujeito ao fator 'r'. O § 5o-D coloca o CNAe 6203-1 como sujeito ao fator 'r'"
R = Exato!
"A dúvida é a seguinte. O CNAE 6203 é que está me colocando sujeito ao fator 'r' e consequentemente sujeito à tabela do anexo V?"
R = Correto!
"Se eu retirar a atividade de CNAE 6203 e ficar só com a principal que é 9511-8, volto para o anexo III?"
R = Creio que isso não seja necessário. Até por que você sabe muito bem que tem empresas que faturam dentro de 2 ou mais Anexos. O que você precisa fazer, na minha opinião, é controlar a fim de saber a qual atividade pertencerá o faturamento. Tem que separar bem as receitas.
"Ou existe alguma possibilidade de ficar com as duas e ainda assim ficar no anexo III uma vez que 95% da receita é oriunda da atividade 9511-8 pertencente apenas ao anexo III?"
R = Não li nada a respeito, da necessidade de alterar o CNAE ou contrato social por conta disso. Até por que são atividades bem distintas, uma da outra.