Juliana Ad,
Se vocêos elementos que a empresa realizou os recolhimentos no prazo vale entrar com a contestação a exclusão do Simples Nacional. A Receita disponibiliza um modelo neste Link.
A análise pela RFB demora sim, mas um dia vai sair. Logo, você terá que sentar com o seu cliente e explicar os impactos.
1ª Opção - Recolher todos os tributos na forma do Lucro Presumido, bem como entregar as respectivas obrigações acessórias e após o deferimento da opção com efeito retroativo a 2018 poderá ser solicitado a restituição.
Uma consideração importante a ser feita é que os recolhimentos do DAS também deverão ser feitos com data retroativa (com juros e multa). Pois não é admitida a compensação de tributos estranhos ao regime simplificado ou apurados à parte.
2ª Opção - Apurar quanto deveria pagar na sistemática do Simples Nacional e realizar depósitos judicias - veja mais detalhes aqui. - Ainda sim, sugiro entregar as obrigações como lucro presumido para não ter outras dores de cabeça.
Nesse caminho você estará garantindo que não pagará juros e multa, mas só quando rolar o trânsito em julgado.
[“O depósito não é o pagamento, é garantia que se dá ao sujeito credor da obrigação tributária, num procedimento
administrativo ou em ação judicial, no sentido de que, decidido o feito, se o depositando sucumbe, o valor
depositado é levantado pelo credor, extinguindo-se, dessa forma, a obrigação.” (Amaro, Luciano. CURSO DE
DIREITO TRIBUTÁRIO, 5a
ed., São Paulo: Ed. Malheiros, 2000, p. 361).
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O Prof. Hugo de Brito Machado afirma: “O depósito é ato do contribuinte que, por haver ingressado em juízo para
impugnar a cobrança do tributo, coloca o valor correspondente à disposição do juízo, para garantir a efetividade da
decisão que porventura a final venha a ser proferida a favor da Fazenda Pública na ação correspondente.” (“Depósito
Judicial e Lançamento por Homologação”, Revista Dialética, n 49, outubro/99, p. 53).]
Se optar pela 2ª opção, sugiro conversar com um advogado tributarista para maior segurança do seu cliente.
Para melhor decisão, você deverá levar em conta, fluxo de caixa do cliente, necessidade das certidões em dia, enfim... coloque no papel as vantagens e desvantagens a seu ver.
Em 2019, você irá solicitar a opção para o Simples e como mencionou a colega Luciana "deve ser realizado o pente fino" com antececência e depois é só aguardar o resultado de 2018, mas é importante garantir o seu direito.
Se erro do recolhimento foi do banco, peça que seu cliente processe-o e no pleito coloque o pedido para arcar com os
honorários por esse trabalho extraordinário (você consegue isso até administrativamente com o banco).
Espero ter ajudado.