Boa noite Fabrizio,
Se a empresa é prestadora de serviços não deveria comercializar produtos, no entanto nada impede a coexistência de ambas atividades, principalmente se forem correlatas.
Nas empresas optantes pela tributação no Lucro Real Trimestral ou por Estimativa Mensal o PIS e a COFINS obedecem ao regime de incidência Não-Cumulativa, no entanto isto não é regra geral, pois depende da atividade e em alguns casos até de critérios contábeis (por exemplo, os custos orçados em Incorporadoras)
As alíquotas e os cálculos são os mesmos para as receitas auferidas pela venda de bens ou de serviços com raras exceções ditadas pela natureza das atividades.