Danilo, bom dia!
Sim, será necessário o recolhimento do diferencial de alíquota.
“Art. 2º - Ocorre o fato gerador do imposto (Lei 6.374/89, art. 2º, na redação da Lei 10.619/00, art. 1º, II, e Lei Complementar federal 87/96, art. 12, XII, na redação da Lei Complementar 102/00, art. 1º):
(...)
XVI - na entrada em estabelecimento de contribuinte sujeito às normas do Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte - “Simples Nacional”, de mercadorias, oriundas de outro Estado ou do Distrito Federal. (Inciso acrescentado pelo artigo 2º do Decreto 52.104, de 29-08-2007; D.O. 30-08-2007)
(...)
§ 6° - na hipótese do inciso XVI, o valor do imposto devido será calculado mediante a multiplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota interna e a interestadual pela base de cálculo, quando a alíquota interestadual for inferior à interna (Lei Complementar federal 123/2006, art. 13, §1°, XIII). (Redação dada ao parágrafo ao parágrafo pelo Decreto 52.858, de 02-04-2008; D.O. 03-04-2008).