Alteração em CNPJ

Bom dia,

Tudo bem?

Pessoal, estou com um problema e gostaria de saber se alguém já passou por isso e consegue me ajudar, estou com um pouquinho de urgência.

Temos um cliente que era MEI, fiz o desenquadramento e fiz a alteração de contrato na Junta Comercial. Porém não consigo fazer o DBE e alterar o CNPJ, pois o CNAE dele é representante comercial e ao abrir o MEI foi aberto automatico a inscrição estadual e 2 dias depois baixou a inscrição também automatico, so que ao baixar a inscrição não realizou a quebra de vinculo com a receita federal. Todo DBE que eu faço dá indeferido, pois consta baixa exclusiva no estado.
Como faço para alterar os dados do CNPJ nesse caso?

Obrigada!