Erica, qual é o regime de tributação da sua empresa? Se for lucro real, não deve ser feito perdecomp de pagamento a maior ou indevido. O valor recolhido a maior deve ser considerado como antecipação, compondo o saldo negativo e aí sim, compensado com perdecomp.
Pelo que diz o aviso, ele está informando da compensação de pagamentos a maior com prazo acima de 5 anos. Nestes casos, se você não fizer um pedido de restituição, após os 5 anos do pagamento, perde o direito de compensar o valor.
Não sei se houve alteração no critério da Receita, mas eles podem localizar os processos pela informação nos darf (já que se você desmarcar esta opção, terá que informar-lo), mas acho que isso dificulta o nosso trabalho. Vamos ver se mais alguém tem alguma sugestão.