Pagamento do DCTF's em atraso para emissão de Certidão de Tr

Bom dia,

Preciso emitir uma Certidão de Tributos Federais.
Porém a empresa têm débitos de ISS de 2015 e 2016.
Como eu emito as guias de DCTF's em atraso com o valor das multas?

Já tentei pelo portal da prefeitura, mas não aparecem os débitos dos impostos de ISS que constam na receita.

E após a empresa realizar os pagamentos, como eu emito esta Certidão de Tributos Federais??

Obrigada.