Gabriela,
Você deve declarar em separado, pois é mais vantajoso, colocando 50% dos recebimentos para cada um, independente do nome que esteja no contrato, exceto casados no regime da separação total de bens.Neste ano pague o Carnê-Leão em separado, metade para cada um. O Carnê-Leão, colocando nenhum, 2 ou 3 dependente, é somente uma referência para o recolhimento antecipado. O seu imposto real devido você confere na declaração-> aba Resumo da Declaração-> Cálculo do Imposto, deste valor o programa desconta o IR pago no Carnê-Leão; saldo positivo você paga a diferença agora, saldo negativo recebe restituição. Como eu disse, não afeta em nada.
Além disso, mas não é usual, na resposta 84 do Perguntas e Respostas da Receita Federal:
No caso de propriedade em comum em decorrência da sociedade conjugal/união estável, o imposto pago por
um dos cônjuges/companheiro ou retido na fonte pode ser compensado meio a meio, independentemente de
quem o tenha pagado ou sofrido a retenção; opcionalmente, o imposto pode ser compensado pelo total na
declaração de um deles, desde que tribute a totalidade dos rendimentos comuns.
Quando você informa o CPF do cônjuge nas duas declarações a Receita Federal trata o casal como uma única pessoa,Por esse motivo que a totalidade dos bens comuns deve ser informada em uma única declaração e os rendimentos comuns 50% para cada um.