Olá Aline!
"Empresa optante pelo lucro real, adquiriu insumos monofásicos, qual CST (PIS/COFINS) correto na escrituração dos documentos?"
R = Você não vai obter créditos, correto?
"Ainda, qual a diferença na tributação de produto monofásico e substituição tributária em relação a PIS e COFINS?"
R = Depende dos produtos.
O regime monofásico, também conhecido como tributação monofásica ou concentrada, consiste em mecanismo semelhante à substituição tributária, pois atribui a um determinado contribuinte a responsabilidade pelo tributo devido em toda cadeia de um produto ou serviço.
Um exemplo, é a Lei 10.147/2000, que criou o regime monofásico para produtos de higiene pessoal, medicamentos e cosméticos, que tornou os importadores e industriais desses produtos responsáveis pelo recolhimento do PIS e da COFINS incidentes sobre a cadeia de produção e consumo mediante a aplicação de uma alíquota global de 12,50% e reduziu a zero a alíquota do PIS e da COFINS para revendedores e varejistas.
Nesta situação exemplificada, as distribuidoras de remédios e as farmácias, quando revendem os medicamentos com tributação monofásica, não pagam PIS e COFINS.
No entanto, devem recolher as duas contribuições calculadas sobre as demais receitas não tributadas no modelo monofásico.
A substituição tributária ocorre nos casos em que a responsabilidade de recolhimento desses impostos é da empresa de origem do produto. Nesses casos, o imposto devido ao varejista já foi recolhido pela indústria e, portanto, não precisará ser destacado na nota fiscal de venda. Basicamente, é como ocorre no regime de tributação monofásica. Além disso, é muito semelhante à substituição de ICMS, mas não vamos confundir, pois, nesse segundo caso, estamos falando de tributos bastante diferentes.
Fontes:
https://blog.esimplesauditoria.com.br/saiba-como-funciona-a-substituicao-tributaria-de-piscofins/
http://www.portaltributario.com.br/tributario/monofasico.htm