Jean,
Será necessário verificar se na saída você deixou de ter domicílio fiscal no Brasil. Você será taxado como não residente apenas se fez declaração definitiva de saída do país; se isto não ocorreu você continua como residente e obrigado a prestar contas ao fisco brasileiro e pagar os tributos sobre os ganhos no Brasil e no exterior pelo período de 12 meses. Portanto, verifique se a eventual diferença de imposto vale uma querela com a empresa.
Veja o que diz o Regulamento do Imposto de Renda:
Art. 14. Os residentes no País que se retirarem em caráter definitivo do território nacional no curso de um ano-calendário, além da declaração correspondente aos rendimentos do ano-calendário anterior, ficam sujeitos à apresentação da Declaração de Saída Definitiva do País correspondente aos rendimentos e aos ganhos de capital percebidos no período de 1º de janeiro até o dia anterior à data da saída do País, observado o disposto no art. 918).
§ 1º O imposto sobre a renda devido será calculado por meio da utilização dos valores correspondentes à soma das tabelas progressivas mensais relativas aos meses do período abrangido pela tributação no ano-calendário
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§ 2º Os rendimentos e os ganhos de capital percebidos após a data da saída definitiva do País ficarão sujeitos à tributação exclusiva na fonte ou definitiva, na forma estabelecida no Capítulo V do Título I do Livro II, e, quando couber, na forma estabelecida neste Livro.
§ 3º As pessoas físicas que se ausentarem do território nacional sem apresentar a Declaração de Saída Definitiva do País terão seus rendimentos tributados como residentes no País, durante os primeiros doze meses de ausência, observado o disposto no § 1º, e, a partir do décimo terceiro mês, na forma estabelecida no Capítulo V do Título I do Livro III.
