Bom dia Felipe tudo bem?
Tudo bem exatamente com você mencionou acima a empresa possui s CNAES 1 sujeito ao ANexo III e outro ao Anexo IV.
Engenharia tambem serviços de engenharia pode ser Sujeito ao Fator R quando o serviços se caracterizarem como:
Engenharia, medição, cartografia, topografia, geologia, geodésia, etc – Anexo V, mas sujeita ao fator R – Veja o Art. 18, § 5º-J, da Lei Complementar 123/06.
Você deverá separas as receitas para as prestações de serviços emitas pela empresa, dividido em serviços do anexo III não sujeitos ao fator R / Os serviços Sujeitos / e os serviços do anexo IV.
No inicio do PGDAS você informará a receita bruta auferida.
E posteriormente você selecionará as atividades de serviços prestas e fará o rateio das receitas para cada atividade.
Obs: quanto ao Fator R, ele será tributado no anexo V caso a empresa que preste o serviço não tenha uma folha de salarios + mais Prolabore igual ou inferior a 20% da receita auferida.
Caso a somatoria da folha de salario + prolabore sejam superiores a 28,01 % da receita auferida sujeita ao fator automaticamente estas receitas serão tributadas no Anexo III.
espero ter ajudado e bom dia.