Transportadora Subcontratada - como registrar as receitas SN

Boa tarde
Pesquisei bastante sobre serviço de transporte subcontratado e consegui tirar minhas dúvidas em relação ao ICMS, porém não consigo de forma alguma chegar a uma conclusão sobre como deve ser feito para legalizar as receitas recebidas por este tipo de transporte.
Eu vi que a transportadora subcontratada (SP) pode emitir o CT-e de subcontratação caso queira, mas não é obrigada a emissão do mesmo.

Neste caso meu cliente não quer emitir o CT-e de subcontratação pelo fato de ser uma “cópia” do CT-e da contratante, já que o valor do frete cobrado pela contratante é bem maior que o valor do frete pago à subcontratada, desta forma ele pagaria um imposto sobre uma base maior que a receita mensal que ele vai receber.

EX: CT-e contratante       = Frete R$ 1.000,00
CT-e de subcontratação = Frete R$ 1.000,00 (pois precisa ser igual o CT-e emitido da contratante)
Valor que a contratante vai pagar para a subcontratada = R$ 600,00
 
Agora vem a pergunta, se a transportadora subcontratada optar em não emitir o CT-e de subcontratação, como devo proceder para legalizar as receitas?
Posso utilizar os valores recebido através das transferências bancaria para informar as receitas no ambiente do Simples Nacional?
Estou muito perdida porque na minha cabeça toda receita precisa ser acompanhada de algum documento fiscal, seja ele NF-e, CT-e ....
 
Por gentileza,se alguém puder me ajudar nesta questão agradeço muito.

Boa tarde Jenice!
Conseguiu resolver a questão?
Também estou com a mesma dúvida.

Boa tarde Wesley Muniz
Fui orientada por um contador que tem um cliente também transportador subcontratado a utilizar o extrato bancario da empresa como comprovante das receitas (é fácil pois ele só trabalha para uma empresa) e declarar o valor total das entradas para apurar os impostos. Neste caso dentro do ambiente do Simples Nacional eu utilizo a opção "transporte com substituição tributária do ICMS"

Boa tarde Jenice.
Entendi, o que foi feito, mas, no meu ponto de vista acaba que os tributos federais serão tributados em duplicidade.
Como no exemplo que você usou, a Transportadora contratante pagou os impostos federais do CTe (A menos que ela seja lucro real) e a empresa que efetuou o transporte também foi tributada.
No caso em questão um transporte que seria feito por R$ 1.000,00 foi tributado em R$ 1.600,00

Mas acredito que não tem muito para onde ir.
Obrigado pelo esclarecimento Jenice.