Agnaldo,
A meu ver, a retificação através de REDARF é permitida nesse caso. O que a legislação proíbe é a formalização de REDARF que tenha como objeto a retificação de DARF de IRPJ, na medida em que o primeiro pagamento de IRPJ no ano-calendário determina o regime de tributação da empresa, de forma irretratável durante todo o ano-calendário.
Nesse sentido, se a empresa pagou o primeiro DARF de IRPJ sob o código 2089, optou pelo Lucro Presumido e nesse cenário os códigos 6912 e 5856 utilizados para recolhimento do PIS e da COFINS devem ser retificados, não havendo, como afirmado anteriormente, impedimento para a regularização através de REDARF.
A IN RFB 672/2006, que disciplina as normas relacionadas ao REDARF , relaciona em seu art. 11 as situações em que não será admitida a retificação dos DARFs através do REDARF e o mesmo não impede a sua utilização na situação descrita na sua pergunta.
Att.
MMM