Como se dá o recolhimento de impostos para dois CNAEs diferentes?

Irei abrir uma empresa que executa duas atividades que se encaixam em dois CNAEs diferentes. 

A primeira atividade, se encaixa no  CNAE 5813-1/00 que pertence ao anexo 3. E a segunda atividade se encaixa no CNAE 6202-3/00 que pertence ao anexo 7.

Quando eu gerar a nota fiscal do serviço terei que pagar os impostos para os dois CNAEs, ou somente para aquele que a tributação é maior? 

Obrigada,
Andreza

primeiramente, quais são as atividades que voce vai exercer exatamente? pois esse primeiro CNAE cai em três anexos diferentes de tributação. Não existe anexo 7 no Simples nacional, a atividade do CNAE 6202-3/00 - Desenvolvimento e licenciamento de programas de computador customizáveis é tributado pelo anexo V conforme fator R. na emissão de nota voce não vai efetuar apuração dos tributos isso se dará durante o processo de apuração dentro do portal do Simples Nacional.

Então, eu irei prestar serviços para uma editora. Fazendo a conferência do material recebido para publicação e a publicação de fato no portal da editora. E também trabalho desenvolvendo softwares para facilitar o processo de conferência do material.

Poderia me explicar onde entra o fator R? 

Obrigada