Bom dia, Vinicius!
Não precisa, só faça as declarações que estão pendente e no dia seguinte já será regularizado o CPF do seu cliente mas, antes de fazer as declarações faça essa consulta do E-CAC por que mostra todas as declarações que estão pendente de entrega e assim já entrega todas pra não deixar nenhuma em aberto.
Em questão da regularização da empresa, acho que seria bom fazer, logico você orientando e mostrando os pontos certo e benefícios em questão da regularização da empresa para o seu cliente, dando a melhor sugestão podendo ela ser MEI, EIRELI, LTDA e assim por diante.
Espero poder ter ajudado.
um bom dia ....