Boa tarde, Bianca;
Para este caso, como optante pelo Lucro Presumido, o primeiro passo é realizar o PER/DCOMP com o pedido de restituição com o Pagamento a Maior.
Já para a EFD-Reinf, mantém-se a declaração original. Pois, a declaração do débito mantém-se correta, apenas o pagamento está a maior. Assim, será reconhecido a quitação e será pedido restituição apenas do valor pago acima do débito.
OBS: E, posteriormente, é possível utilizar-se do PER/DCOMP para compensar o pagamento da competência seguinte.
Caso haja algum outro colega com uma outra sugestão, me faço apto para conhecer.