Boa tarde novamente, Yasmin;
Bom, legalmente, ainda que o recolhimento tenha ocorrido, deve-se solicitar a substituição/ cancelamento pelo fato de que, ainda que para a empresa tomadora (Simples) "não tenha problema", o prestador não poderá indicar a retenção pelo fato de ser indevida.
Nesses casos, geralmente utiliza-se do pagamento indevido como "desconto incondicional" para os meses seguintes. Visto que, em regra geral, seria bem mais rápido que o pedido de restituição de pagamento indevido/ a maior na Receita Federal.
Resumindo, vai da boa vontade de ambas as empresas para regularização no caso do pagamento já ter ocorrido.