Bom dia!
Não há impedimento algum, desde que informado ao cliente que este procedimento será feito.
Quanto a contabilização basta pesquisar sobre transferência de numerário entre matriz e filial que você entenderá. Mas se atente nisso: faturamento é uma coisa, venda é outra.
Você tem uma matriz e uma filial, se o cliente comprar de você na matriz, a NF de venda deve ser feita na matriz. O faturamento, ai o ideal é a fatura ser separada da NF pode ser emitida pela matriz mesmo. Mas vamos supor que por azar o produto que você vendeu não tenha mais na matriz e precise vir da filial:
Emita uma NF entre as duas filiais (veja se não há ST ou dif de aliquota) e depois uma NF da filial para o cliente.