PIS/COFINS em produtos na saída de empresa do regime de lucro presumido.

Bom dia!
Trabalho na área fiscal de uma empresa distribuidora de produtos orotpédicos e hospitalares. A empresa é do regime lucro presumido. Alguns desses produtos (NCM) se encontram na condição de alíquota zero/ isentos e também com alíquota diferenciada pela incidência monofásica (tabela 4.3.10 e 4.3.13)
Minha dúvida: A alíquota de saída mantenho geral 0,65% e 3% ou utilizo as alíquotas das tabelas fornecidas pelo SPED?

Bom dia,

Verifica se é o mesmo caso: https://www.contabeis.com.br/forum/tributos-federais/377840/pis-cofins-ncm/

Bom dia Evandro R. Utilizando as tabelas fornecidas em http://sped.rfb.gov.br/pasta/show/1545 (atualizadas esse ano), verifiquei que não consta a condição de a empresa ser do lucro real ou presumido, mas tão somente que dada NCM terá isenção ou tributação monofásica de PIS/COFINS. As tabelas não identificam se benenificiária é lucro real ou presumido. Saberia me confirmar se a aplicação é restrita?

Certo, 

Se o item já sofreu a tributação com alíquotas diferenciadas pela indústria/importador, o tributo já está recolhido para o restante da cadeia de consumo, logo, a emissão da NFe será com CST Pis/Cofins 04 → Operação Tributável Monofásica – Revenda a Alíquota Zero e sem destaque do tributo.

Quanto aos benefícios teria que avaliar a NCM e a legislação que instituiu o benefício para verificar se cabe a aplicação pela empresa, ou não...

Perfeito!
Aproveitando o ensejo.rsrsrsr. Essa mesma empresa do lucro presumido participa de licitação e fechou contrato com município X para prestação de produtos fármacos. O Município é isento de ICMS e existem muitos convênios que isentam muitos produtos do ICMS.
01. O produto sendo tributado integralmente CST 000, sairá com CST 041 e CFOP 5102 para venda ao município?
02. O produto sofrendo substiuição CST 060, sairá 060 ou 041 ou outro com CFOP 5405?