CTe E MDFe

boa noite
quais impostos incide sobre o cte, quando ele é insento não paga impostos
o manifesto tem impostos quando é emitido
sou iniciante  estou com muita dúvidas 
se alguem por gentileza, responder para mim 
agradeço
sou de mato grosso 

Boa Tarde, tudo bem? O manifesto é um documento complementar o CTE, portanto não tem incidência de Imposto.
No caso de frete, que é seu CTE, a aliquota interna é de 12% do ICMS, porem existe alguns beneficios para operações estaduais, e para operações interestaduais, eles tem uma espécie de tabela que serve para base de cálculo de ICMS s/ frete para transporte de mercadorias em grãos.
O artigo 95 do RCTE-MT trata do ICMS sobre o frete.
Sobre os outros impostos, no caso federal, seguir a linha de acordo com o enquadramento da empresa.

Lana , muito obrigada