Marcelo, bom dia
A exclusão do ICMS na base de calculo do Pis e Cofins está valendo para empresas do Lucro Presumido e Lucro Real em relação as vendas e pode ser levantados créditos desde 03/2017, observando a condição de créditos dos últimos 5 anos.
Na apuração normal do mês, pode ser feito normal.
Se esta empresa que você está mencionando, tem operação referente a este período, pode ser levantado créditos e fazer pedido de compensação e deverá fazer retificação das DCTF e SPED Contribuições.
Já a exclusão do credito ICMS na base de calculo do Pis e Cofins nas entradas é somente para as empresas com apuração pelo regime Lucro Real.