Exclusão do ICMS base de calculo do PIS E COFINS(RECEITAS) - vendas/serviços transportes

Bom dia colegas!
Minha duvida é sobre as saídas nos serviços de transportes..
Entendo que quando há o destaque de ICMS nos documentos fiscais, no meu caso nos Cte emitidos, posso deduzir o valor do ICMS da base de calculo do PIS e COFINS, já que minha empresa é LUCRO REAL, correto?
Gostaria de saber em relação aos Cte 6932 CST 90 - outras UF qual o procedimento correto? meu sistema esta parametrizado para não lançar esses valores de ICMS pois os mesmo ja foram pagos a vista e não entra na minha apuração mensal, dessa forma não consigo deduzir esses valores na apuração PIS e COFINS. O que posso estar fazendo? mudar configuração e lançar com os valores de ICMS e assim utilizar na apuração do PIS e COFINS ou continuar dessa forma e não utilizar? alguém ai com mesmo problema que possa me ajudar?

Boa tarde,
Esses valores que já foram pagos a vista foram pagos por vocês estão cobrando ele junto no valor total do CT-e? Ou foram pagos pelo remente da mercadoria e vocês apenas o informam no CT-e? Neste caso sem compor o valor da sua receita?

Meu cliente é a Transportadora e na maioria dos casos ela quem faz o pagamento desse ICMS.

Bom dia Ana,
Neste caso, se está sendo cobrado junto dentro do valor do CT-e, entendo que possa excluir esse valor, pois está embutindo ele na sua receita bruta, e não é uma receita propriamente da transportadora, pois essa é a essência da tese da exclusão do ICMS da base do PIS-COFINS, uma vez que o ICMS não é receita da empresa, não compõe a base do PIS-COFINS.