Instrução Normativa nº 2145 - DUVIDAS

Possuo uma empresa de transporte suburbano e algumas prefeituras realizam a compra de VT conosco. 
Devido à Instrução Normativa nº 2145 , haverá retenção de IRRF por parte de nós (empresa) nas faturas da prefeitura, onde eles devem realizar o recolhimento do imposto.

Vamos supor que vendi 1.000,00 para uma prefeitura X 
Na minha fatura deve constar dessa forma: 

Valor Bruto - 1.000,00
IRRF: 24,00 (aliquota de 2,40%)
Valor líquido: 976,00

A PREFEITURA DEVE ME PAGAR APENAS OS 976,00???

Aparecida Lopes, isso mesmo, o valor retido a empresa pode compensar no valor devido ( IR sobre o faturamento) dentro da mesma competência.

Sim, de acordo com a Instrução Normativa nº 2145, se a prefeitura for a fonte pagadora e a retenção de IRRF (Imposto de Renda na Fonte) for de responsabilidade da empresa de transporte suburbano, então a prefeitura deve pagar apenas o valor líquido, que é de R$ 976,00 no exemplo que você forneceu.
A retenção de IRRF é uma obrigação da empresa que presta o serviço (nesse caso, a sua empresa) e a prefeitura deve repassar o valor líquido após a retenção para a empresa. A empresa é responsável por calcular e recolher o IRRF devido ao governo.
Portanto, o valor bruto (R$ 1.000,00) é apenas o valor total da fatura, e o IRRF (R$ 24,00) é retido pela empresa de transporte suburbano e, como resultado, a prefeitura deve pagar à sua empresa o valor líquido (R$ 976,00).

Na verdade você vai pagar o líquido a Prefeitura, e a Prefeitura vai embolsar o valor da retenção diretamente para seus cofres públicos.