Você está correto em afirmar que a cobrança do valor pago de IR pela empresa, que perdeu a causa, com o valor total da ação, é bis in idem.
O bis in idem é uma vedação legal que impede a cobrança de um mesmo tributo ou penalidade duas vezes pelo mesmo fato. No caso em questão, o valor pago de IR já é considerado como um ônus da empresa, que perdeu a ação trabalhista.
A cobrança desse valor novamente, como parte do valor total da causa, seria uma cobrança dupla do mesmo tributo.
A jurisprudência do Superior Tribunal de Justiça (STJ) é firme no sentido de que a cobrança de IR sobre a indenização trabalhista é válida, mas o valor pago de IR não deve ser considerado como parte do valor total da causa para fins de RRA.
No julgamento do Recurso Especial nº 1.955.791/SP, o STJ entendeu que "o valor pago a título de IR sobre o valor da indenização trabalhista não se integra ao valor da condenação, sendo, portanto, excluído da base de cálculo da RRA".
No seu caso, o cliente pode apresentar defesa à RFB, alegando o bis in idem. Para isso, deve apresentar os documentos que comprovem o recolhimento do IR, o acordo judicial e a notificação da RFB.
A defesa deve ser fundamentada na jurisprudência do STJ, que é favorável à empresa. O cliente pode, ainda, solicitar a realização de uma perícia contábil para comprovar que o valor pago de IR não deve ser considerado como parte do valor total da causa.
Espero ter ajudado!