Se eu entendi bem , o valor foi recolhido tanto na guia unificada do mês, quanto numa guia própria de darf comum, sendo assim você só conseguirá compensar no mês seguinte com outro débito em aberto, pois os do mês já estão pagos.
E quando vincular você pode importar direto e o sistema reconhece o per/dcomp já transmitido e você só vincula o que eventualmente compensou.
Vou dar exemplo, na competência 05/2024 os débitos com vencimento em 20/06 eram:
R$ 900,00 INSS e R$ 100,00 de IRRF, foi declarado em DCTFWeb e gerado a guia unificada com valor de R$ 1.000,00 e recolhido.
Erroneamente também foi gerado via darf comum (Sicalc/Sicalcweb) a guia de R$ 100,00 que também foi recolhida. gerando assim R$ 1.100,00 de recolhimento.
Supondo que os débitos sejam os mesmo,
No mês seguinte ao apurar a competência 06/2024 com vencimento em 20/07: Você declara a reinf e esocial normalmente e levará para a DCTFWeb os mesmo 900,00 e 100,00 de débitos, porém antes de finalizar a DCTFWeb você fará um per/dcomp de compensação em que declarará o recolhimento duplicado e compensará com os 100,00 de débito do mês de IRRF.
Assim, na DCTFWeb você ira vincular o perd/comp ao débito de IRRF de modo que não ficará valor a recolher deste, apenas dos 900,00.
Finalizando e transmitindo a DCTFWeb restará apenas o débito de INSS de 900,00 a recolher na guia pois o outro tem um crédito vinculado.