Desconto Simplificado do ponto de vista Matriz e Filial

Olá, 

No caso de duas pessoas jurídicas matrizes com atividades estatutárias e natureza jurídica distinta uma da outra.

No exemplo temos um funcionário registrado na filial da matriz A e este também tem registro na filial da matriz B, a dúvida consiste se o desconto simplificado de 564,80 das novas regras do imposto de renda poderá ser aplicado por ambas empresas.

Uma outra dúvida do mesmo assunto é se a empresa aplicou o desconto simplificado ou legal durante o ano, isso pode ou deve influenciar na opção da declaração de ajuste anual do funcionário ? ou ele pode escolher o que achar melhor ?

Se ele trabalha para duas empresas, cada uma fará o desconto independente. 
Ele deverá optar pelo simplificado na declaração,  pois senão houve desconto a menor na fonte