SCP lucro presumido x ostensivas em lucro real

Tenho um cliente que configurou o sistema com 2 cnpjs operando em lucro real e sendo as ostensivas e 1 cnpj operando em lucro presumido e sendo a SCP. Estamos emitindo as notas de saída todas pelos 2 cnpjs ostensivos. As notas de entrada tb estão entrando pelos cnpjs ostensivos.
A dúvida é: como apurar os créditos? como gerar os speds?

Bom dia Keure, para tratar esse assunto, temos algumas considerações.
Normalmente, o sócio ostensivo em uma SCP é apenas 1 (as obrigações que envolvem a SCP, ficam vinculadas a esse sócio ostensivo e ele é o responsável).
Não existe necessariamente a obrigatoriedade do sócio ostensivo ter o mesmo regime de tributação da SCP, contudo a apuração fiscal e contabilidade precisam "separar" quais são as operações do sócio ostensivo e quais são as operações da SCP.
Outro ponto que por vezes é desconsiderado, embora a emissão de documentos que suportem as operações da SCP fiquem registradas no CNPJ do sócio ostensivo (já que a SCP é uma sociedade não personificada), a contabilização e apuração fiscal, são registradas de forma separada.
Seguindo essa linha de raciocínio, os speds (aqui precisaria entender de qual estamos falando) normalmente são gerados de forma separada (1 englobando as operações do sócio ostensivo e outro englobando as operações da SCP).
Logo, a apropriação de crédito estaria vinculada a operação que foi realizada (se é do sócio ostensivo ou se é da SCP).
Apenas a título exemplificativo, um sócio ostensivo do lucro real realiza operações da própria sociedade (uma LTDA ou outra forma) e tem direito a créditos de PIS e COFINS.
Além disso por ser sócio ostensivo também registra operações da SCP que é tributada pelo lucro presumido.
Nesse caso, teríamos a operação da sociedade/sócio ostensivo com aproveitamento de créditos de PIS e COFINS normalmente, e operações da SCP onde não haveria o aproveitamento de crédito (por ser lucro presumido/regime cumulativo).
Veja que embora as duas operações estejam do CNPJ do sócio ostensivo, 1 vai seguir a apropriação de créditos por ser lucro real (não cumulativo) e outra não haverá por estar no lucro presumido (cumulativo).
Na prática, as operações ficam registradas de forma segregada, fiscal e contábil. 
Para fins de obrigações acessórias, depende da obrigação. Por exemplo ECD, ECF, EFD Contribuições, todas são 2 arquivos, 1 das operações do sócio ostensivo e outo das operações da SCP.
Mas existem outras obrigações que todas as informações ficam em apenas 1 arquivo (do sócio ostensivo), por exemplo DCTF Web, onde na mesma obrigação você informa o débito do sócio ostensivo e eventualmente o débito da SCP.
Embora seja um pouco complexo a explicação espero ter ajudado.