Bom dia Macel,
Em princípio a Receita Federal não pode negar o pedido de exclusão retroativa, até mesmo porque a exclusão é justificada e devida.
Entretanto o fato de não tê-la solicitado por opção quando obrigatoriamente deveria, sujeita a empresa as penalidades previstas no § 3º, Artigo 3º da Resolução CGSB 15/2007 conforme se segue:
§ 3º A falta de comunicação, quando obrigatória, nos prazos determinados nos §§ 1º e 2º, sujeitará a ME e a EPP a multa correspondente a 10% (dez por cento) do total de impostos e contribuições devidos de conformidade com o Simples Nacional no mês que anteceder o início dos efeitos da exclusão, ou do impedimento, não inferior a R$ 500,00 (quinhentos reais), insusceptível de redução.
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