Repasse de valor já recolhido os impostos.

Boa tarde. Aqui na empresa onde trabalho, todo mês recebemos um valor de repasse. Esse valor é faturado na empresa de São Paulo, e repassado a metade para nós. Essa metade nós tambem emitimos a NF, para recebermos essa metade, e assim, também recolhemos os impostos devidos. Tem alguma "coisa" que pode ser feito para não recolher os impostos duas vezes?

Alguem pode me ajudar, por favor?

O imposto incide na emissão do documento fiscal se ocorreu a emissão do mesmo o fisco entende que ocorreu uma entrada de receita, uma duvida quanto a este repasse o mesmo é feito por empresas do mesmo grupo (matriz e filial) ou CNPJ distintos?