Gilson,
Isso pode acontecer sim.
Mas o crédito poderá ser compensado trimestralmente através de Per/dcomp "saldo negativo de IRPJ".
Lembre-se a empresa precisa ser lucro real ou presumido.
Quando fechar o valor do IRPJ (Trimestral), exemplo:
-Valor débito: R$ 200,00
-Valor crédito: R$ 200,00
-IRRF: R$ 100,00
Sobrando assim R$ 100,00. Esse valor para ser aproveitado precisará ser feita a Per/dcomp - tipo do crédito - saldo negativo de IRPJ;
Neste momento conseguirá informar o DARF a ser compensado.
Agora quando for feita a DIPJ do período prestar atenção que esse valor irá demonstrar ter ficado como crédito, evitando a Receita enviar intimação para ser exclarecido do crédito porque a DIPJ é o confronto com a Per/dcomp.