Bruno,
Primeiramente, cabe ressaltar que a IN 974/2009 foi revogada pela Instrução Normativa RFB nº 1.110, de 24 de dezembro de 2010, DOU de 27.12.2010.
http://www.receita.fazenda.gov.br/Legislacao/Ins/2010/in11102010.htm
Quanto ao seu questionamento, sim, os templos religiosos estão obrigados a apresentação da DCTF.
Ver a seguir, definição de unidade gestora de orçamento, conforme parágrafo único do Artigo 2º da IN 974/2009:
CAPÍTULO I
DA APRESENTAÇÃO DA DCTF
Seção I
Da Periodicidade de Apresentação da DCTF
Art. 2º As pessoas jurídicas de direito privado em geral, inclusive as equiparadas, as imunes e as isentas, as autarquias e fundações da administração pública dos Estados, Distrito Federal e Municípios e os órgãos públicos dos Poderes Executivo, Legislativo e Judiciário dos Estados e do Distrito Federal e dos Poderes Executivo e Legislativo dos Municípios, desde que se constituam em unidades gestoras de orçamento, deverão apresentar, de forma centralizada, pela matriz, mensalmente, a Declaração de Débitos e Créditos Tributários Federais (DCTF).
Parágrafo único. Para fins do disposto no caput, considera-se unidade gestora de orçamento aquela autorizada a executar parcela do orçamento dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios.