Bom dia Andressa,
Ver a seguir Artigo 25 da Instrução Normativa RFB nº 1.183 de 19 de agosto de 2011, DOU de 22.8.2011.
Para entregar a DIPJ de extinção, sim, deve estar com a contabilidade regularizada até a data do evento de extinção.
CAPÍTULO VI
DA BAIXA DA INSCRIÇÃO
Art. 25. A baixa da inscrição no CNPJ, da entidade ou do estabelecimento filial, deve ser solicitada até o 5º (quinto) dia útil do segundo mês subsequente ao da ocorrência de sua extinção, nas seguintes situações, conforme o caso:
I - encerramento da liquidação voluntária, judicial ou extrajudicial, ou do processo de falência;
II - incorporação;
III - fusão;
IV - cisão total;
V - transformação em matriz de órgão público inscrito como filial, e vice-versa.
§ 1º Caso a extinção da entidade ocorra em mês no qual não esteja disponível o aplicativo para entrega da Declaração de Informações Econômico-Fiscais da Pessoa Jurídica (DIPJ), Declaração Anual do Simples Nacional (DASN) ou Declaração Simplificada da Pessoa Jurídica (DSPJ) - Inativa do respectivo ano-calendário, conforme o regime de tributação adotado, a baixa de sua inscrição no CNPJ deve ser solicitada até o 5º (quinto) dia útil do 2º (segundo) mês subsequente ao da disponibilização do referido aplicativo.
§ 2º A baixa da inscrição no CNPJ, da entidade ou do estabelecimento filial, produz efeitos a partir de sua extinção, considerando-se esta ocorrida nas datas constantes do Anexo VIII a esta Instrução Normativa.
§ 3º Não são exigidas declarações relativas a período posterior à data de extinção da entidade no CNPJ.
§ 4º A baixa da inscrição do estabelecimento matriz no CNPJ implica a baixa de todas as inscrições dos estabelecimentos filiais da entidade.
§ 5º Deferida a baixa da inscrição, a RFB disponibiliza em seu sítio na Internet, no endereço citado no caput do art. 13, a Certidão de Baixa de Inscrição no CNPJ, conforme modelo constante do Anexo IV a esta Instrução Normativa.
http://www.receita.fazenda.gov.br/Legislacao/Ins/2011/in11832011.htm