Fernanda, bom dia!
Já que o ISS já fora retido dessa empresa, você deverá ao entrar no PGDAS e quando for informar as atividades econômicas da empresa, selecione e ter selecionado Prestação de Serviço, verifique qual o anexo a que seu cliente está sujeito, e selecione a opção que estiver referido "com retenção/substituição tributária de ISS"
Por exemplo, caso essa empresa preste serviços sujeito ao anexo III, selecione a opção: "Sujeitos ao Anexo III com retenção/substituição tributária de ISS"
Automaticamente o sistema irá desconsiderar o valor do ISS que seria pago junto ao DAS.
Só uma observação, você diz que essa empresa está enquadrada no Simples Nacional, portanto a retenção de ISS deve obeceras seguintes disposições: Lei Complementar nº 123/2006, art. 21, § 4º; Lei Complementar nº 116/2003, art. 3º.
Que dispoem da retenção de ISS na empresas optantes pelo Simples Nacional.
Espero ter ajudado.
Att.
Adriano A. da Silva