Rosemeire,
boa noite.
De fato, se a empresa de representação comercial foi registrada como individual, os rendimentos serão considerados como se de pessoa física fossem, não importando aí, o fato de se ter o CNPJ e registro na Junta Comercial ou cartório.
Os rendimentos deverão ser tributados levando-se em conta a tabela progressiva do IRPF, diante entendimento ao Art. 150, § 2º, III/RIR-99, que determina:
Art. 150. As empresas individuais, para os efeitos do imposto de renda, são equiparadas às pessoas jurídicas...:
§ 1º São empresas individuais:
II - as pessoas físicas que, em nome individual, explorem, habitual e profissionalmente, qualquer atividade econômica de natureza civil ou comercial, com o fim especulativo de lucro, mediante venda a terceiros de bens ou serviços
...
§ 2º O disposto no inciso II do parágrafo anterior não se aplica às pessoas físicas que, individualmente, exerçam as profissões ou explorem as atividades de:
...
III - agentes, representantes e outras pessoas sem vínculo empregatício que, tomando parte em atos de comércio, não os pratiquem, todavia, por conta própria ...(Grifei)
Dessa forma, tendo em vista que a tributação como pessoa física é superior ao da PJ, voce está corretíssima no seu entendimento de que esse tipo de atividade deve ser registrada como limitada.
Por fim, caso deseje que a empresa seja equiparada à PJ, para adequar-se à legislação vigente, deverá extinguir a empresa individual, constituindo uma limitada.
Este é meu ponto de vista, s.m.j.
Att
Hugo.