Prezada Vanessa, boa tarde.
Esse assunto é muito polêmico e sua discussão no STF é muito aguardada pelos profissionais da área.
No entanto, a matéria já foi apreciada por juízes da primeira instância que, na maioria das sentenças, foram desfavoráveis ao contribuinte, ou seja, o entendimento de que esse ICMS deve fazer parte da base de cálculo de PIS e Cofins.
Porém, há algumas sentenças a favor da exclusão desse imposto da base de cálculo das referidas contribuiçõs.
Visto isso, no meu entendimento, deve-se calcular o PIS e a Cofins pelo valor cheio da NF, sem descontar o ICMS, como um ato conservador ante essa discussão.
Att.
Luis Fernando Manhoso (Twitter @lflmanhoso)
Ciências Contábeis FEARP-USP
Consultoria e Planejamento Tributário