Murillo,
Acredito que quando a empresa contrata um escritório de contabilidade, quer tratar através dela todas as suas questões contabeis e fiscais, no entanto a boa prática do escritório e fazer um contrato de prestação de serviços, elencando quais serviços serão prestados e contemplados no preço cobrado. assim quando surge algo novo e completo como Sped o EFD contribuições, você teria melhores condições de discutir o assunto com o cliente e "dividir" as responsabilidades... se não há contrato definindo o que faz, entenderia que a contabilidade é responsável pela geração dos arquivos, o vc poderia negociar com a empresa é a exportação dos dados do sistema dela, mas a responsabilidade pela validação do conteúdo não tem jeito é da contabilidade