Regina,
Precisa separar o imposto a ser pago do imposto a ser retido.
Em qualquer venda você pagará o Pis a cofins normalmente, pelo regime que a empresa estiver obrigada, Cumulativo ou não cumulativo.
O que ocorre é que o òrgão público irá reter entre outros o Pis e a Cofins por 0,65% e 3%.. você calcula o valor a pagar em função do faturamento e deduz o valor retido.
Em se tratando de venda a órgão público federal, o que você pode fazer é usar o regime de caixa para pagamento do Pis e Cofins, ou seja, em vez de calcular no mes da emissão da NF você calcula no mes do recebimento da NF,,, mas tem alguns controles que você precisa fazer, pois na DACON esta situação precisa ser informada.